Vers une nouvelle vague du Covid cet été: tout ce qu'il faut savoir sur le nouveau variant BA.5

Il a été détecté pour la première fois en Afrique du Sud, le 25 février 2022 à KwaZulu-Natal. L’Afrique du Sud effectue davantage le séquençage génétique sur les échantillons de Covid que les autres pays. Il n’est donc pas impossible que le variant provienne d’ailleurs, mais qu’il ait été détecté pour la première fois par des scientifiques sud-africains. 

Il y a dix jours, selon les données de Sciensano, 42,2% des tests positifs étaient des infections dues au variant Omicron BA.5 (moyenne sur sept jours). Cela représente une augmentation de 14,2% par rapport à la semaine précédente. Il y a un mois, la part des contaminations liées au variant BA.5 était de 9,44%. “Ce variant est en train de devenir dominant”, explique le biostatisticien Geert Molenberghs. 

Les mutations ne sont préoccupantes que si elles augmentent la gravité de la maladie, renforcent la capacité du virus à contourner la protection des vaccins ou une infection antérieure, ou si elles rendent les tests moins efficaces.

Le variant BA.5 présente de nombreuses mutations identiques à celles du variant original d’Omicron, mais il a surtout beaucoup de points communs avec le variant BA.2. Cependant, le variant BA.5 contient aussi des mutations supplémentaires, comme la mutation L452R, qui a également été détectée dans le variant Delta. Selon les scientifiques, cette mutation rend le virus plus infectieux en améliorant la capacité du virus à se fixer aux cellules humaines. Le BA.5 possède également une mutation F486V, qui pourrait diminuer la réponse immunitaire lors d'une infection au virus. Enfin, la plupart des séquences BA.5 contiennent un changement génétique qui affecte partiellement l’efficacité des tests PCR. 

Cependant, les effets de ces mutations génétiques sont à relativiser, car il ne s’agit pas d’une simple “addition” des mutations. Tout dépend de l’ensemble du génotype. 

Il est assez simple d'identifier un variant du Covid dominant. En revanche, il est compliqué de savoir pourquoi ce variant est devenu dominant. Le BA.5 se répand-il plus parce qu’il est plus infectieux? Ou parce qu’il échappe mieux à l’immunité? Selon le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies (ECDC), rien ne prouve (encore) que le variant BA.5 est plus contagieux. Une pré-publication d’une équipe japonaise et une publication d’une équipe chinoise soulignent surtout que le virus contourne mieux l’immunité, notamment à cause de la mutation F486V. “Des variants comme ceux-ci contournent beaucoup plus facilement notre immunité”, estime également Geert Molenberghs. 

Selon l’Agence nationale de santé publique française, la durée des symptômes cliniques est plus longue avec le variant BA.5, à savoir en moyenne 7 jours contre 4 jours pour les autres variants.  

Les données recueillies dans différents pays ne montrent aucune augmentation du nombre de cas graves, selon le dernier rapport épidémiologique de l’ECDC. Le nombre d’admissions à l’hôpital n’est pas plus élevé pour les infections au BA.5. La durée moyenne d’hospitalisation des cas de B.A5 est de 5 jours.

Le variant BA.5 contourne mieux que les autres variants l’immunité due au vaccin ou à une précédente infection. Cela a été démontré dans une étude du Beth Israel Deaconess Medical Center de la Harvard Medical School, dont les résultats ont été publiés dans le New England Journal of Medicine.

Chez les 27 participants à l’étude qui avaient été vaccinés avec le vaccin Pfizer/BioNTech contre le coronavirus, il est apparu que deux semaines après la dose de rappel, les niveaux d’anticorps contre les sous-variants d’Omicron étaient déjà beaucoup plus faibles qu’avec la première souche du Covid. 

Chez 27 participants qui avaient été infectés par les sous-variants BA.1 ou BA.2 en moyenne 29 jours auparavant - dont la plupart avaient également été vaccinés - les chercheurs ont obtenu des résultats similaires. Au Portugal, où le variant Omicron BA.5 est dominant depuis plus longtemps que chez nous, les données vont dans le même sens: les réinfections sont possibles et se produisent plus rapidement. 

Mais, selon le New England Journal of Medicine, il est “probable que l’immunité vaccinale offre toujours une protection suffisante contre les formes graves de la maladie”. Au Portugal, les personnes qui avaient été vaccinées et qui ont tout de même contracté le virus se sont retrouvés beaucoup moins souvent à l’hôpital et en soins intensifs. 

Toujours selon l’Agence nationale de santé publique française, les symptômes les plus courants sont la fatigue, la toux, la fièvre et les maux de tête. Le risque d’anosmie (perte de l’odorat) et d’agénésie (perte du goût) est plus élevé pour les cas de BA.5. Les nausées, les vomissements et la diarrhée font également partie des symptômes observés. 

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